Pärast prebiootikumide söömist lähevad nad otse jämesoole, kus neid fermenteerivad kolibakterid energia kasutamiseks ja toodavad lühikese ahelaga rasvhappeid SCFA, peamiselt äädikhapet, propioonhapet ja butüüinhapet, samuti piimhapet ja gaasi. [6]
(1) Happe tootmine
Soolestiku taimestiku tekitatud orgaanilised happed metaboliseerivad toitu ühelt poolt võivad anda inimkehale vajalikku energiat, teisest küljest võib see vähendada soolestiku pH väärtust ja moodustada keskkonna, mis ei soodusta patogeensete bakterite ellujäämist, pärssides seeläbi tõhusalt soole korruptsiooni ja parandades. Mineraalsete elementide imendumiskiirus soodustab soole peristaltikat ja hõlbustab roojamist. Üldiselt toodab Lactobacillus ainult piimhapet, samas kui Bifidobacterium toodab peamiselt äädikhapet ja väikest kogust piimhapet. Pärast prebiootikumide metaboliseerimist soolestiku taimestiku poolt tekib ka suur hulk orgaanilisi happeid, mis vähendavad soole pH-d [7]. Nende hulgas oli suurim happe tootmine galakto-oligosahhariidil ja laktuloosil ning inuliinil oli väikseim happeline tootmine. Erinevate orgaaniliste hapete tootmine pärast prebiootikumide metaboliseerimist on: äädikhape LACT, GOS, SOS>FOS, IMO, XOS>Inulin; piimhappe GOS, SOS>XOS, IMO, LACT>FOS, Inulin; propioonhape LACT, Inulin , XOS, FOS>SOS, COS>IMO. [6]
(2) Gaasi tootmine) Gaasi tootmine
Lisaks bifidobakteritele ja laktobatsillidele inimese soolestikus võib peaaegu kogu muu taimestik toota gaasi, põhjustades inimkehale erineva kõhupuhituse ja peeretamise. Pärast prebiootikumide metaboliseerimist soolestiku taimestiku abil võib toota teatud koguse gaase, nagu CO2, H2 ja CH4. Oota. Glükosiidilise sideme ja koostise erinevuse tõttu kasutavad erinevat tüüpi gaasi tootvad bakterid erinevaid prebiootikume ja toodetud gaas on erinev. Rycroft jt võrdlesid erinevate prebiootikumide gaasi kogutoodangut in vitro eksperimentide abil ja leidsid, et isomaltooligosahhariidid ja galaktooligosahhariidid on prebiootikumid, mille gaasi kogutoodang on kõige väiksem, samas kui inuliin on suurim gaasi kogutoodang (vt joonis 3). Lisaks viis Oku jt [läbi kliinilise kontrolli kolme prebiootikumide, oligofruktoosi, oligofruktoosi ja isomaltooligosahhariidi vesiniku tootmise kohta. Olenemata toiduannusest 10g/d või 20g/d, tootsid kõik oligomeersed fruktoosid kõige rohkem vesinikgaasi, samas kui isomaltooligosahhariidid tootsid kõige vähem vesinikgaasi.