Kuigi probiootikume peetakse tervisele kasulikuks, võib mõne inimese jaoks nende mikroorganismide esmane allaneelamine põhjustada mitmesuguseid ebamugavaid sümptomeid. Esmakordsel probiootikumide võtmisel võivad mõnedel inimestel tekkida sellised sümptomid nagu puhitus, kõhulahtisus, peavalud, palavik, lihasvalu, aju udu ja võib-olla ärevus. Arvatakse, et need sümptomid on vastus kehas toimuvatele muutustele, nagu potentsiaalsete patogeenide kadumine või soolestiku reaktsioonide taasaktiveerimine – nähtust, mida mõnikord nimetatakse "Herxheimeri reaktsiooniks".
Herxheimeri reaktsioon on esialgne reaktsioon, mis tavaliselt näitab, et keha kohaneb uue mikroobse keskkonnaga. See võib olla tingitud probiootikumide interaktsioonist olemasoleva mikroobikogukonnaga, põhjustades bakterite surma või metaboliitide vabanemist, mis neid sümptomeid esile kutsuvad. Kuigi see reaktsioon on ebamugav, on see tavaliselt lühiajaline ja taandub kiiresti. Seda võib pidada keha homöostaasi protsessi osaks.
See mõjutab tavaliselt vaid väikest hulka inimesi, sümptomid on kerged ja kestavad tavaliselt vaid mõnest päevast kuni mõne nädalani. Kui need sümptomid tekitavad teile ebamugavust, võite enne uuesti proovimist annust vähendada või mõneks päevaks selle kasutamise lõpetada; kui need sümptomid püsivad kauem kui paar nädalat, lõpetage selle kasutamine; kui teil on õhupuudus, pigistus kurgus, nõgestõbi või muud allergilise reaktsiooni sümptomid, lõpetage kohe selle kasutamine. Kõrvaltoimete võimaluse vähendamiseks, eriti tundliku seedesüsteemiga inimestel, on mõistlik alustada väikese koguse probiootikumidega ja seejärel annust mõne nädala jooksul suurendada.
Probiootikume tuleb kasutada eriti ettevaatlikult neile, kellel on tõsine immuunpuudulikkus, sest harvadel juhtudel võib probiootikumide allaneelamine põhjustada infektsiooni. Seda seetõttu, et immuunsüsteem ei suuda tõhusalt kontrollida mikroorganismide vohamist organismis, põhjustades nakkusohtu.
Mõnedel inimestel võivad tekkida allergilised reaktsioonid teatud tüüpi probiootikumidele, eriti Saccharomyces boulardii'ga seotud pärmseentele. Muud tüüpi probiootikumid, nagu laktobatsillid, ei põhjusta üldiselt allergilisi reaktsioone.
Mõned probiootikumid võivad seedetraktis toota histamiini. Liigne histamiini vabanemine võib põhjustada selliseid sümptomeid nagu sügelus, suurenenud pisaravool, nohu, hingamisraskused, punetus ja turse, eriti neil, kellel on histamiini talumatus. Ebamugavustunde vältimiseks vältige neid probiootilisi tüvesid.