Probiootikumide toidumaatriksitesse kaasamisel tuleb keskenduda üheksale väljakutsele. Need on: 1. tüve valik, 2. tüvede tootmine, 3. kuidas toitu inokuleerida, 4. kuidas tagada säilimine töötlemise ajal, 5. kuidas vältida elujõulisuse kaotust ladustamise ajal, 6. kuidas arvutada [Probiootikumide] Kolooniate arv, 7. Mõju toidu sensoorsetele omadustele, 8. [Toote säilitamine] stabiilsus tarbijate kodudes, 9. Ja mängida rolli seedetraktis.
Täpsemalt, mahlades toovad orgaanilised happed sageli toote pH alla 4, mis pärsib probiootikumide ellujäämist. Valikus tuleks kaaluda neid probiootikume, mis taluvad madalat pH-d, näiteks Lactobacillus bifidobakteri kohal.