Uuringud on näidanud, et soolestiku taimestik mängib olulist rolli soole barjääri ehitamisel, hõlmates peamiselt järgmisi aspekte.
(1) Biokile tõkke moodustamine
Normaalne soole füsioloogiline taimestik võib kinni pidada soole limaskestast, et moodustada biokile barjäär. Soole biokile barjäär võib moodustada steriaalse takistuse, takistades kahjulike bakterite kokkupuudet soole limaskestaga. Samal ajal võivad mõned probiootikumid toota ka antibakteriaalseid aineid, nagu bakteriotsiin ja vesinikperoksiid. Lisaks võivad mõned soolebakterid metaboliseerida ka lühikese ahelaga rasvhapete tootmiseks, soolestiku pH vähendamiseks ning kahjulike bakterite kasvu ja paljunemise pärssimiseks. Seetõttu on soole mikrofloora seotud esimese soolebarjääri ehitamisega.
(2) Soodustada limatõkke teket
Soole lima barjäär koosneb peamiselt mutsiinist ja immunoglobuliinist A, mida sekreteerivad soole goblet-rakud ja epiteelirakud. Mutsiinid seonduvad soolestiku bakteritega, takistades kahjulike bakterite seondumist soole epiteeliga. ImmunoglobuliiniL A on antikehade aktiivsus teatud viiruste, bakterite ja üldiste antigeenide vastu. See on soole limaskesta oluline barjäär ja esimene kaitseliin, et vältida patogeenide tungimist kehasse. Uuringud on leidnud, et normaalne soole mikrofloora võib stimuleerida soolestiku epiteelirakke limaskesta ja immunoglobuliini A eritamiseks ning soodustada lima barjääri moodustumist.
(3) Mõjutada soole epiteeli rakukihi moodustumist
Soole epiteelirakud eristuvad krüptides pluripotentsetest tüvirakkudest. Uuringud on näidanud, et soolestiku normaalne taimestik võib mõjutada soole epiteelirakkude diferentseerumist. Näiteks Clostridium butyricum ja selle metaboliidid võivad soodustada soole epiteelirakkude vohamist. Samal ajal on soolestiku epiteelirakkude vahel tihedad ristmikud, mis võivad tõhusalt takistada soolestiku kahjulike ainete sissetungi. Soolestiku mikrobioota võib mõjutada tihedate ühendusvalkude ekspressiooni, mõjutades seeläbi soole barjääri terviklikkust.
(4) Mõjutab soolestiku immuunbarjääri funktsiooni
Soole immuunbarjäär koosneb soole lümfoidkoest ja soole sekretoorsetest immunoglobuliinidest. Immuunbarjäär võib stimuleerida soolestiku lima sekretsiooni ja kiirendada lima kihi voolu, vältides seeläbi bakterite adhesiooni ja kolonisatsiooni. Uuringud on leidnud, et normaalse soolestiku taimestiku olemasolu on soole lümfisüsteemi arengu võti. Pärast soolestiku taimestiku tapmist antibiootikumidega ei saa soole lümf normaalselt areneda ja muutuda nõrgaks ning immuunsus nõrgeneb! Probiootikumid nagu Clostridium butyricum võivad aktiveerida immuunsüsteemi. Rakkude ja immunoglobuliinide ekspressioon mängib olulist rolli soole limaskesta immuunbarjääri funktsiooni parandamisel.